Użytkownik system.ekep.eu posiadający wyłącznie rolę Skarbnika po zalogowaniu się ma dostęp do menu z ponad 30 linkamim między innymi pozwalającymi na:
Przy wystawianiu dokumentów finansowych ich numeracja może być prowadzona w system.ekep.eu lub pobierana automatycznie z jEPRP™ w zależności od ustawień dostępnych w konfiguracji koła.